Helt tilbage i jægerstenalderen, har der boet mennesker i vores område. Der er fundet bopladser under vandet ved Eskilsø, dateret til 8000 år før vores tidsregning. Også dengang havde man øje for, at fjorden var et godt sted at slå bo, som i dag.
Senere steg vandet så meget i fjorden, at vandstanden var 4m højere end i dag. Derved skabtes Selsø, (Sælernes Ø), men landhævningen gjorde at Selsø sø, som den er i dag, er hvad der er tilbage af det gamle sund.
Sønderby er som alle bebyggelser med endelsen – by – grundlagt i vikingetiden ca 750-1050 før vor tid. Hvor Selsø kirke ligger, var der oprindeligt omkring år 1000 en rundkirke. Typen kendes specielt fra Bornholm. Den blev brugt som vagttårn for langskibsflåden som samledes i Selsø Sø, der dengang havde åben forbindelse til fjorden. Samtidig var kirken tilflugtssted for befolkningen i ufredstid.
Den nuværende kirke blev påbegyndt i 1100-tallet, og var en Herregårdskirke. Selve Selsøgård blev genopført 400m med øst. Selsøgård nævnes førstegang i 1288, og tilhørte Roskilde bispesæde. Sønderby, Østby og den forsvundne Vesterby, var fæstelandsbyer som betalte fæsteafgifter til Selsøgård og måtte derudover yde hoveriarbejde. Det gamle hovgærde findes stadig ca. 300m vest for Sønderbybro.
I 1788 blev stavnsbåndet ophævet og det gav mulighed for frikøb fra Selsøgård, så Sønderbys gårde blev selvejergårde. Nogle valgte at flytte gårdene ud af byen, men flertallet vedblev med at ligge i byen. Gårdene havde formentlig helt tilbage fra vikingetiden ålegårdsret i fjorden. De blev solgt fra, så der i Sønderby boede erhvervsfiskere, og derfor var Sønderby havn fælleseje for hele byen i lighed med gadejorden omkring gadekæret
Sønderby har indtil “nyere” tid, haft skole, smed, tømrer, skomager, købmand og brugs. Den sidste forretning der forsvandt var brugsforeningen, stedet man mødtes.
I dag er Sønderby, på trods at det er en pendel og pensionistby, en levende landsby med foreningsliv, eget vandværk og et af Danmarks ældste bylaug. Samt en kro i den gamle skole, og der udspiller en stor del af byens sociale liv sig.
Sønderby ligger her, omgivet af vand på tre sider, i en af Danmarks smukkeste hjørner, med en kultur og en natur som vi alle må tage vare på
Historien om Sønderby og omegn er fortalt af Poul Mortensen
https://arkiv.dk/soeg?searchstring=S%C3%B8nderby+&valgtearkiverids=80